Der Güterverkehr in Estland ist nach Einführung der Sanktionen gegen Russland auf fast Null gesunken. Im vergangenen Jahr belief sich das Volumen noch auf 12,8 Mio. t, davon fast 9,5 Mio. t im Transit. Durch die Sanktionen gingen alle Transporte von Öl und Düngemittel aus der Republik Belarus verloren. Statt ganzer Züge verkehren heute täglich nur 10 bis 20 Güterwagen über die russische Grenze. Dies bedeutet für Estlands Eisenbahn, die vor einigen Monaten hauptsächlich mit dem Transport von Gütern aus Russland und Weißrussland beschäftigt war, sich neu orientieren zu müssen.
Kasachstan und Usbekistan, deren Getreide, Öl und Stahl zuvor die Häfen im Schwarzen Meer anliefen, begannen nach Möglichkeiten zu suchen, diese über andere Häfen im Baltikum und Finnland zu verschiffen, da das Schwarze Meer jetzt für die Schifffahrt gesperrt ist. Momentan wird kasachisches Getreide für das Terminal in Muuga erwartet, ebenso Öl für den Kraftstoffhändler Alexela, allerdings zunächst nur eine kleine Charge. Die russische Seite hat hier mit dem Transport von Metallerz für Fabriken in Belgien begonnen.
Die Ukraine möchte ihr Getreide über die baltischen Häfen exportieren, was aber auf einige Probleme stößt. Da man nicht mehr durch Weißrussland fahren kann und aufgrund der anderen Spurweite in Polen bedeutet das, dass sie ihre Waren zunächst in Polen auf Güterwagen mit 1.435-mm-Spurweite verladen müssten. Weder an der ukrainisch-polnischen Grenze noch an der polnisch-litauischen Grenze gibt es aber Ladestellen, an denen Getreide verladen werden kann. Estland hat zwar viele Getreideterminals mit Gleisanschluss, die Terminals könnten bis zu einer Million Tonnen pro Jahr per Bahn erhalten, die estnische Bahn hat aber keine Getreidewagen. Bisher wurden die Güterwagen meistens aus Russland gekauft, was heute nicht mehr geht.
Ein weiteres Problem sind die stark begrenzten Kapazitäten an der polnisch-litauischen Grenze, laut Angaben der litauischen Eisenbahn sind 4-5 Zugpaare pro Tag das händelbare Maximum, und die dortigen Containerterminals sind bereits mit eigenen Zügen von Kaunas nach Polen belegt. Es ist zwar möglich, Getreide in Containern zu transportieren, aber die Mengen, die aus der Ukraine exportiert werden müssen, sind aktuell sehr schwierig zu transportieren.